Sindrom kongenitalno stečene imunodeficijencije se javlja usljed prijenosa HIV-a sa majke na dijete u maternici, za vrijeme poroda ili dojenja. U zavisnosti od brojnih faktora, zaraženo je oko 5-50 % djece rođene od HIV pozitivnih majki. Dijagnoza se postavlja kombinacijom kliničkim i imunoloških kriterija, dok je tretman sve djece izložene HIV-u za vrijeme odrastanja preporučen.